gunrock 圖結構(graph) GPU 函數庫在 Debian Linux 上的安裝

gunrock 是一套可用 GPU 平行運算的圖(Graph)結構 C++ 函數庫。這裡的 Graph 不是指「畫圖」,而是許多端點(Vertex)跟連結線(Edge)所形成的類似腦神經連結的幾何結構體。

Graph(圖)結構可以用來分析各式複雜的現象, 例如社群網路使用者彼此之間的關係與小群體是否相似,也可以模擬人類腦神經之間的結構,DNA 結構的相似性等等,應用非常廣泛。

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Debian Linux (Wheezy) R-3.4.0 kmcudaR 套件安裝錯誤之修改

今天看到 R 軟體一個新套件 kmcudaR,裡面有新的 kmean 跟 knn 函數,宣稱可以使用 GPU,並且採用新的「Yinyang K-Means」(陰陽 K-Means?) 演算法,速度比傳統的 K-Means 集群法還快 1.6 倍到 2 倍,目前只有 Linux 跟 Mac 版本。

所以我就在我 Linux 機器上用 R 的 install.packages 方法嘗試安裝,結果出現 compile 錯誤。這裡把我自己修正該套件原始碼錯誤的步驟紀錄一下。
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Linux Debian(Wheezy)/Ubuntu 編譯 R-3.4.0

我自己習慣在 Linux 作業系統上抓 R 軟體的原始碼編譯、安裝。這樣做通常比較有彈性,也可以避免作業系統版本跟其對應的 R 軟體版本過於老舊的問題

假設我們想把 R 裝在 /opt/R 資料夾,並且不需要 R 的 X-window 相關 GUI. 如果需要 X-window GUI, 可以把 Step 3. R_config 檔中的 “–with-x=no” 刪除

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Debian Linux (Wheezy) 上安裝 SparkR

最近想安裝 SparkR 來玩一下,結果 Google 搜尋來的資訊滿多都缺這缺那。舉例來說,這篇標題很好聽的「Install and Run SparkR – easy way」的文章教我們裝了一堆東西,結果整篇文章就是沒講要怎麼安裝 SparkR. 所以我就把自己的安裝過程寫下來給大家參考。

作業系統: Debian Linux 7.11 (代號 Wheezy), 應該也適用於 Ubuntu 14.04 版本
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Debian Linux Wheezy 安裝 GTX 1080 GPU 顯示卡 + R 軟體

Linux 核心資訊:Linux debian64 3.2.0-4-amd64

昨天買的 GTX 1080 Turbo OC 8G 顯示卡寄來,於是把之前那張便宜的 GeForce 210 顯示卡換掉,重新開機後進入 R,本來以為之前已經裝好了 Navidia CUDA Toolkit 跟 gpuR, gputools , 結果紛紛出現錯誤訊息,無法執行

於是上網搜尋看看別人在相同的作業系統下安裝 GTX 1080 的經驗,沒想到沒有人裝過

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